1924 yılında Mustafa Kemal Paşa Samsun’a yaptığı bir gezide Çarşamba’ya da uğramıştır. Bu
gezi sırasında o zamanın jandarma yüzbaşı Sabri Altıner'e bir spor kulübü kurulması için talimat verir. Aynı yılın Kasım ayında, ilçedeki Halk Fırkası binasında yapılan ilk toplantı ile birlikte Çarşamba Yeşilırmak Gençlik Kulübü adıyla kulüp kurulmuştur. Ancak, cumhuriyetin ilanı ile kulübü özdeşleştirmek isteyen Çarşambalılar kuruluş yılını 1923 olarak tescil ettirmişlerdir.
Kulüp sonraki yıllarda Çarşamba Gençlik Kulübü, Çarşamba Spor Kulübü ve Çarşamba Belediyespor Kulübü olarak isim değiştirmiştir. Kuruluş yıllarına ait belgeler, karar defterleri ve diğer evraklar o zamanki iki katlı ahşap kulüp binasında çıkan yangında kül olmuştur.
1947 yılında Şehir Stadyumu'nda; Fener Gençlik - Çarşambaspor maçı oynanmaktadır. Maç sırasında seyirciler Çarşambasporlu Hasan Aras'a sürekli aleyhte tezahürat yapmaktadır. Hasan'ın iki golüyle Çarşambaspor 2-1 galip gelir. Hasan attığı gollerden sonra, seyircilere bir hareket yapar. Şeref tribününde maçı izleyen dönemin Samsun Valisi Rüknettin Nasuhioğlu; Hasan'ın bu hareketinden sonra Çarşambaspor’a beş yıl ligden ihraç cezası vermiştir.
Cumhuriyetle birlikte kurulan ve bu tarihten itibaren Samsun Amatör Ligi'nde mücadele eden Çarşambaspor 1947 yılında cezası nedeniyle ara verdiği lige 1952 yılında tekrar alınır. 1952 yılında Adnan Yazıcı, Yaşar Kefeli, Ekrem Aka ve Bahaettin Çakar cezası biten Çarşambaspor’u tekrar kurarlar. Çarşambaspor kurulduğunda 1923 yılından 1968 yılına kadar hiç şampiyon olamamıştır. 1962 yılına kadar tüm maçlar Samsun'da oynanmıştır. Samsun 1. Amatör Küme'de 8 kez şampiyon olan Çarşambaspor 15 yıl 3. Lig'de, 4 yıl da 2. Lig'de olmak üzere toplam 19 yıl profesyonel liglerde mücadele etmiştir. 1984 yılında çıktığı 3. Lig'de ikinci sezonunda şampiyon olarak 2. Lig'e çıkmıştır. 4 yıl 2. Lig'de mücadele ettikten sonra, 1990 yılında tekrar 3. Lig'e düşmüş ve 2003 yılında da amatör kümeye düşmüştür. Kulüp, 2003 yılından 2011 yılına dek amatör kümede yer almış ve 2010-11 sezonu sonunda tekrar 3. Lig'e çıkmıştır.[3]
2011-12 sezonu sonunda tekrar Bölgesel Amatör Lig'e düşmüştür. 2015-16 sezonunda Samsun Süper Amatör Lige düşmüştür. Aynı sezon Samsun Süper Amatör Ligde Şampiyon olarak Bölgesel Amatör Lige yükselen takım hâlen BAL'da mücadele etmektedir.
